原子力显微镜（Atomic force Microscope，AFM）是在扫描隧道显微镜(STM)的基础上发展起来的，它弥补了STM对样品导电性的要求，可以高分辨表征各种样品的表面形貌，也可以分析与作用力相对应的各种表面性质，另外利用针尖可以操纵原子和进行纳米加工。
该设备安置在中国科学院蛋白质科学研究平台原子力显微镜实验室，系统在扫描探针显微镜基本工作原理及应用方面拥有100多项专利，具有极其优异的性能，同时采用了国际先进的专门用于相互作用力测量的Pico-force系统，进一步扩展了原子力显微镜的使用范围。
本套仪器在2005年完成了系统安装，目前该系统的硬件配置和工作状态均处于国内领先水平。负责该系统试验导向和仪器运行的技术支持人员，具有丰富的分子生物学实验和仪器维护经验。系统投入运行以来，先后为院内外20多个单位提供实验近3000机时，鉴定各类蛋白质、DNA等试验样品近百种。利用这些实验数据和图片，相关研究单位有近20篇研究论文发表在JBC、Langmuir等较高水平杂志上。
