中国科学院遗传与发育生物学研究所（简称：遗传发育所）最早成立于1959年。2001-2003年，由原中国科学院遗传研究所、发育生物学研究所及石家庄农业现代化研究所整合而成。现任所长杨维才博士。
目前，共有81个创新研究组，职工500人。其中院士3人，国家“千人计划”3人，“青年千人计划”5人，中科院“百人计划”50人，“973”等国家重大项目首席科学家12人，“国家杰出青年科学基金”获得者31人，国家基金委“创新研究群体”4个。设有遗传学、发育生物学、细胞生物学、植物营养学、生态学和生物信息学六个理学专业的硕士、博士学位培养点，植物营养学和作物遗传育种两个农学专业的硕士学位培养点以及生物工程一个专业学位硕士培养点，以及博士后流动站。目前在读研究生649名，其中博士生421名、硕士生228名。在站博士后121人。
遗传发育所面向我国农业和人口健康的重大战略需求和生命科学前沿，重点开展基因组结构与调控规律、重大疾病分子机理、品种分子设计、农业生态可持续发展、前沿学科交叉领域的研究，揭示水稻、小麦等基因组表达调控规律、阐明细胞分化的分子机制和建立新的品种设计理论与技术体系，为解决遗传与发育生物学领域重大科学和技术问题做贡献。
研究所下设基因组生物学、分子农业生物学、发育生物学、分子系统生物学和农业资源5个研究中心。拥有植物基因组学、植物细胞与染色体工程、分子发育生物学3个国家重点实验室、中国科学院农业水资源和河北省节水农业2个院省级重点实验室、河北栾城农田生态系统国家野外观测试验站，是国家植物基因研究中心（北京）的依托单位，设有栾城农业生态系统试验站、南皮生态农业试验站、太行山山地生态试验站、海南陵水南繁育种基地。
遗传发育所分别在江苏扬州、浙江嘉兴、新疆石河子、天津、青岛等地建立了8个以水稻、小麦、棉花、蔬菜等为重点研发对象的分子育种联合中心；在黑龙江哈尔滨建立了中科院北方粳稻分子育种联合研究中心；在天津和呼和浩特建立了大动物（奶牛）育种基地；在海南陵水、河北赵县建立了作物繁育基地；与沈阳军区合作建设新民、老莱、盘锦育种基地。
在国际合作方面，研究所与英国利兹大学、澳大利亚阿德莱德大学、新西兰梅西大学、日本奈良先端科学技术大学和日本农业生物资源研究所等多国的研究所、大学，在前沿科学研究、双边学术研讨、建立联合研究中心、互派高级学者和优秀研究生等方面开展深层务实合作；研究所分别与先正达生物技术公司和杜邦先锋公司开展合作研究。
2015年度研究所共争取主持国家部委各类项目/课题57项，其中其中转基因重大专项3项、基金重点以上项目12项、中科院重点部署项目1项。研究所共发表SCI论文264篇；获得专利授权45项；审定新品种6个。获省部级科技奖5项，院国际合作奖1项；植物新品种保护1项。李家洋院士等完成的“阐明独脚金内酯调控水稻分蘖和株型的信号途径”的成果入选“2014年度中国科学十大进展”。
遗传发育所是中国遗传学会的挂靠单位，负责编辑出版《Journal of Genetics and Genomics》、《遗传》和《中国生态农业学报》。
